Depuis sa création, le CNHU a connu différentes mutations et reformes et est soumis, de ce fait, à de jour de différents textes juridiques applicables notamment :

 la loi no 62-36 du 30 octobre 1962 portant création de l’Hôpital de Cotonou et dotant cet Etablissement Public de l’Autonomie Financière ;

 le décret no 465/PR/MSPAS du 02 novembre 1962 portant Organisation de l’Hôpital de Cotonou sous forme d’Etablissement Public Autonome ;

 le décret no 490/PR/MSPAS du 21 décembre 1966 érigeant l’Hôpital de Cotonou en Centre National Hospitalier ;

 le décret no 366/PR-MSPAS du 27 novembre 1968 modifiant le décret
no465/PRIMSPAS du 02 novembre 1962 portant organisation de l’Hôpital de Cotonou sous forme d’Etablissement Public Autonome ;

 le décret no 73-8 du 10 janvier 1973 portant organisation et création du Centre National Hospitalier et Universitaire de Cotonou ;

 le décret no 91-77 du 13 mai 1991 portant approbation des statuts du Centre National Hospitalier Universitaire de Cotonou ;

 la loi 94-009 du 28 juillet 1994 portant création, organisation et fonctionnement des offices à caractères social, culturel et scientifique ;

 le décret N°2012-300 du 28 août 2012 portant Attribution, Organisation et Fonctionnement des Centres Hospitaliers Universitaires

 le décret No 2012-422 du 06 novembre 2012 portant attributions, organisation et fonctionnement du Centre National Hospitalier Universitaire Hubert Koutoukou MAGA (CNHU-HKM).

Il faut cependant noter que la gestion quotidienne du CNHU se fonde notamment sur :

 le décret No 2012-422 du 06 novembre 2012 portant attributions, organisation et fonctionnement du Centre National Hospitalier Universitaire Hubert Koutoukou MAGA (CNHU-HKM) en remplacement des Statuts de 1991 ;

 le décret No 2015-396 du 20 Juillet 2015 portant attributions, organisation et fonctionnement du Centre National Hospitalier Universitaire Hubert Koutoukou MAGA (CNHU-HKM) en remplacement du décret No 2012-422 du 06 novembre 2012 ;

 le Règlement Intérieur ;

 la Convention Collective, révisée le 6 novembre 2012, applicable au Personnel du CNHU-HKM ;

 le Code de Travail en vigueur en République du Bénin ;

 le Code de Sécurité Sociale en vigueur en République du Bénin ;

 la loi portant Statut Général des Agents Permanents de l’Etat .